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cp文章生成器,CP2K在线安装教程

4671 人参与  2022年11月18日 17:31  分类 : 新媒体运营  评论

CPK是一款开源免费,可以进行量子化学计算和周期性体系计算的软件包。CPK支持包括分子力学,半经验方法,HF,DFT和后HF在内的多种计算方法,功能较为全面和多样。老版本的CPK安装较为麻烦,学习曲线较为陡峭,阻碍了其进一步推广。随着CPK版本的更新,其安装逐渐简化,安装方式也逐渐多样化。本文尝试对CPK的几种在线安装方法进行阐述,离线安装以后再介绍。


.借助包管理器安装


对ubuntu,debian,deepin等debian系系统:

sudo apt-get install cpk

对conda用户(需提前安装Anaconda或者Miniconda):

conda install -c conda-forge cpk


.直接下载安装

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打开https://github.com/cpk/cpk/releases

根据自己的需要,下载之并上传到服务器。

chmod u+x cpk-.-Linux-x_.sopt

赋予其运行权限,将文件所在目录加入环境变量即可运行。此时为串行版本。


.编译安装


最新版 cpk可以从官网下载,我们默认读者已经安装了git,或者在网页上选择Clone or download下载ZIP压缩包。

git clone --recursive https://github.com/cpk/cpk.git cpk

本教程安装的是cpk.。


. 下载cpk源码包


打开https://github.com/cpk/cpk/releases

下载cpk-..tar.bz


. 准备工作.. 确认python版本


由于本人安装环境系统为ubuntu .,默认python版本为python.,可以直接使用。

对于新版的ubuntu,由于python命令默认进入的是python,故需要将其改为python,可通过安装Anaconda配置Python环境,具体过程本文不详细叙述。


.. 在线安装必要的包


sudo apt-get install libxc libxc-dev libint-dev libint libelpa-dev libopenblas-base libopenblas-dev libfftw- libfftw-bin libfftw-dev libfftw-mpi openmpi-bin gcc gfortran g++


. 解压安装


解压 tar jxvf cpk-..tar.bz

进入相应目录

cd cpk-.

cd tools

cd toolchain

运行安装脚本帮助
./install_cpk_toolchain.sh --help
即可查看安装选项帮助。

其中-j选项默认使用全部核心进行编译

--with-PKG选项决定哪些库,--with-PKG=install下载安装对应库,--with-PKG=system使用系统中的对应库。

简单安装可以使用
./install_cpk_toolchain.sh

对于intel cpu使用
./install_cpk_toolchain.sh -j --with-cmake=install --with-libsmm=install --with-libxsmm=install --with-elpa=install

这个过程很漫长,需要耐心等待。

假设用户为customer,执行

cp /home/customer/cpk-../tools/toolchain/install/arch/* /home/customer/cpk-../arch/

source /home/customer/cpk-../tools/toolchain/install/setup

cd /home/customer/cpk-../makefiles/

make -j ARCH=local VERSION="sopt sdbg ssmp popt pdbg psmp"

再等待一段时间即安装完成。

cd
/home/customer/cpk-../exe/local/
即可看见所编译出来的cpk的不同版本。

至此,CPK软件编译安装完成,赋予运行权限即可运行程序。


.相关的cpk资源:


https://zhuanlan.zhihu.com/cpk-tutorial CPK开发者写的中文教程

http://avogadro.cc/ 建模软件

http://cpk-www.
epcc.ed.ac.uk/cpk-input-editor/#/ cpk在线输入文件生成器

https://www.cpk.org/tools 官方提供的相关工具

https://github.com/avishart/CPK_Editor python编写的cpk输入文件生成器

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